但当科学家们查看欧盟能源官员提供给该研究的数据时，他们发现了疑问。如研究的关键假设降低了传统生物燃料在满足欧盟10%目标中的贡献，同时提高了其他危害较小的可再生能源的作用，像电动汽车和从废物中制取的高级生物燃料等。有的假设称，到2020年，所有出售的新汽车中将有20%是电动汽车，这个数字远远超过目前最可靠的预测。
报告作者、国际粮食政策研究所的大卫·拉沃尔德 （David Laborde）表示，他并不认为欧盟官员助长他坚持带有偏见的假设。他对欧盟政策对于气候变化持有“正面效应”持“相对乐观”的态度。
在某些，拉沃尔德明确否认了欧盟委员会给予的假设：即欧盟近一半的对生物燃料的需求可由生物乙醇所满足。生物乙醇能够比生物柴油更好地减少气候变化。欧盟委员会预计2020年生物燃料和生物乙醇比例将达到55/45 ，但拉沃尔德表示，欧盟并不能达到这个目标，很可能只达到80/20。
政策变化
生物燃料行业继续认为，科学证据如此不充分，欧盟改变其生物燃料目标为时过早。但环保人士反驳说，在这些不确定性中，继续前进并不明智。
欧洲生物柴油委员会表示，只要石油开采业与生物燃料受到相同的严格审查，生物燃料行业将会开启辩论。“让我们进行辩论，但希望这是公平的。”
路透社称，如果公共辩论不断发生，谁给予欧洲权利来教训发展中国家如何使用其土地。毕竟，欧洲毁林历史达到几千年，也是气候变化的主要历史元凶之一。
生物燃料已经成为后石油时代的第一个真正考验。荷兰绿党政治家巴斯·艾克浩特（Bas Eickhout）表示，无论欧盟得出什么结论，都应该设定“未来土地可持续利用的议程”。他说：“生物燃料触及社会问题、环境问题、贸易问题、能源问题和其他许多问题。”
即便没有辩论，欧盟委员会政策变化的可能性已经增加。今年1月份，许多能源政策的制定者已经开始更换。欧盟能源委员欧廷格表示：“我们只提倡可持续的生物燃料，并将认真对待间接土地利用问题。这就是欧盟为什么推出数项研究的原因。如果证实间接土地利用确实存在严重问题，欧盟将调整相关立法。”（薛亮）