生物燃料热潮意味着需要大量的土地。根据路透社计算，单是为了满足欧盟的要求，在2020年之前就需要额外的450万公顷土地，相当于丹麦国家的面积。
焚烧森林来提供土地的方法将向大气中释放大量温室气体，抵消了生物燃料可能提供的理论益处。有消息称，由于生物燃料所导致土地利用的变化将产生2亿吨一次性释放的二氧化碳，大约相当于德国每年的化石燃料排放。
人们砍伐森林用于种植生物燃料作物，抽干脆弱的泥炭地来为棕榈树让路，而泥炭氧化将释放大量二氧化碳。欧盟联合研究中心2008年发布的一份报告显示，如果欧洲2.4%的生物柴油来自于原泥炭地种植的棕榈树，欧盟生物柴油产生的整体气候效益将全部被抵消。
棕榈油目前占欧洲生物燃料组合的4%到5%，其中大部分来自于非泥炭地来源，最终用于食品和化妆品。但为了满足欧盟2020年目标，欧洲对生物燃料的需求将在未来10年里增加两倍。现在越来越多的人提出质疑，欧盟在发展生物燃料之前，关于这方面的科学问题是否已经解决。
防范腐败的安全措施
欧盟新任能源委员冈瑟·欧廷格（Guenther Oettinger）日前宣布了欧盟有关生物燃料的新环境标准。他承诺对生物燃料加以约束，如果科学表明它们并不能提供假定的益处。
按照欧盟信息自由法规要求，欧盟委员会要与公众分享其大部分内部文件。退休法官和前欧盟委员会委员路德维希·克雷默（Ludwig Kraemer）表示：“使用纳税人资金进行的研究应该向公众公布…越早越好，越清楚越好。开放和透明是防止腐败和过度游说的安全措施。”
问题的关键是要弄明白要求公布的内容。路透社从欧盟委员会农业部门主管德马尔蒂泄漏的邮件中获知，新兴的科学观点可能终结欧洲的生物燃料发展。
欧洲运输与环境联盟活动家努沙·乌尔班契奇（Nusa Urbancic）认为：“这封信是第一个确凿的证据。欧盟委员会一直在拖延和推迟他们的报告，我们听说，他们已经发现了生物燃料存在一些问题。”该联盟一直致力于探讨欧盟运输政策。
去年10月，乌尔班契奇就提出正式请求，要求查阅相关文件。今年二月份，当乌尔班契奇还在等待的时候，路透社也提出了同样的要求。三个星期之后，第一批总计达数千页文件对路透社、乌尔班契奇及其同事开放。
一个研究生物燃料生态问题的小组表示，“欧盟生物燃料政策的模拟效果显示，其将对农产品市场造成相当大的冲击。” 其他研究警告说：“政策具有造成重大和难以挽回的环境损害的风险。”
由于担心生物燃料可能会加剧气候变化，欧盟委员会环境部门的官员认为该战略应得到改进或重新考虑。但是农业官员在能源部的支持下，将新科学描述为未经提炼的科学。在公布的文件中，有官员表示：“试图建立欧盟生物燃料生产所导致的间接土地利用变化数量荒唐可笑。”德马尔蒂在另一份文件中表示：“这些模型…不能被作为管理工具，它们将导致有关产业发生财务后果。”
研究所的免责声明
谣言开始在环保人士和欧洲议会官员之间流传。具有60年历史的德国弗劳恩霍夫研究所受欧盟委员会委托，研究欧盟的生物燃料政策。但报告的最终版本发布时，研究却发表声明表示最终陈述并不代表该研究所的意见。
路透社再次要求公布有争议的研究。从公开的电子邮件来看，农业部门官员在削减报告中发挥了作用，削减的章节表明大豆生物燃料对气候的损害相当于标准汽油或柴油的4倍。
官员表示，报告采用的科学方法广受争议，这使得欧盟委员会好像篡改了证据，以配合其政治目的。电子邮件表明，对于间接土地利用变化在2007年之前是否已经发生发生了激烈争论。最终，能源委员缩短了辩论。有官员在2009年12月2日写到，“我们坚持认为，附录应该完全删除。”ClientEarth组织的格雷贝尔表示：“我之前和很多机构打过交道，但从未见过如此不透明的机构。”
关注生物燃料辩论的人们等待欧盟委员会贸易部门委托的一份报告。国际粮食政策研究所承诺对生物燃料的复杂全球结果进行最深入的挖掘。该报告的结论显示欧盟生物燃料政策产生的损害很小。