中国进口大豆及其制品是为了缓和国内供需矛盾，然而，由于缺乏宏观控制，进口商盲目无序地大量进口，严重冲击了国内市场，产生不少的负面效应，为我国大豆产业的健康稳定发展带来隐患。由于我国大豆生产规模小，效益低，与美国转基因大豆生产相比处于绝对劣势。
受价廉的进口大豆冲击，国内大豆价格一路走低，农民收入下降，农民种豆积极性受到严重挫伤。进口大豆虽然满足了国内市场需求，但同时挤占了国内大豆市场份额，加重了国内大豆库存积压状况。如此庞大的进口规模如果持续下去，势必导致国内大豆生产的萎缩。加入WTO对中国的影响首当其冲的就是农业，入世后我国粮食进口将不断增加，进口的粮食将主要是玉米、小麦和大豆，豆油和菜子油的进口配额也将大幅度增加。
由于我国大豆单产比美国低35％，成本比美国高52％，现在进口到岸价（FOB）比我国平均价低约10％，入世后，大豆进口量势必保持较高水平，压榨进口大豆的比例也将随之增大，因此将影响到国产大豆的需求，大豆生产将受到冲击。由于我国实际上没有实行配额制，中美入世谈判中，中方也承诺入世后不对大豆进口实行配额，不对大豆出口实施补贴。目前我国大豆和豆粕的关税分别为3％和5％，按照我国目前的大豆实际关税来确定加入WTO以后税率，大豆的关税将只有3％，而且不属于配额管制的产品。因此，中国加入WTO后国内有关大豆及其制品的进出口政策不会有大的变化，不可能从配额和提高关税方面对国产大豆的价格实施保护。目前国内大豆现货及期货市场价格的低迷状况，正是近几年国外大豆大量涌入的结果。这是加入WTO后农产品价格下降在大豆上提前得到的印证。由于目前进口大豆及其制品在中国销售区市场已占主导地位，进口大豆对国内市场和大豆产业的冲击早已发生。因此，笔者认为，加入WTO后对中国大豆价格的影响不会太大。
面对大豆进口对我国大豆生产及加工带来的影响，有关部门应积极采取措施，逐步扭转不利局面。一方面要适当限制进口转基因大豆或对转基因大豆实行标识管理，从而提高进口大豆的成本，降低对国产大豆市场的冲击，缓解国内库存积压与大量进口的矛盾。但从今年 6月份以来，由于中国公布了《农业转基因生物安全条例》而引发的中美大豆贸易纠纷以及最终通过2001年10 月举行的上海APEC峰会经中美两国最高级领导人的磋商这一纠纷才得以解决的情况来看，限制转基因大豆进口是多么的艰难。另一方面，要加大科研、基本建设等投资力度，加强粮食安全储备、作物保险等措施，尽快完成向集约化生产、纯品种购销、优质优价的现代化农业体制转型。大力倡导“产、加、销”紧密结合，发展 “企业十农户”与订单农业，通过上规模、上档次，推动我国大豆生产发展，提高农民收入，实现我国大豆产业的稳定发展。
我国生产的大豆全部是非转基因的，而国外大豆转基因品种生产的比例较高（美国占68％）。由于国际上对基因改良大豆是否影响人体健康存在争议，欧盟、日本和韩国正在寻求进口非转基因大豆，仅日本每年用于食品加工的大豆就需94万吨，主要靠进口，这为我国大豆出口带来机遇。所以我国大豆生产应该向优质、无公害绿色产品的方向发展，在东北和黄淮海地区建立优质大豆出口基地，实行单种单收，专品种出口，生产符合人们身体健康需求的环保型大豆，以质取胜。