在伊利集团公司的授权下，伊利保鲜乳品公司和国家卫生部、国家乳品中心合作，由北京乳品厂作为国家卫生部实施HACCP试点的企业之一，参加了卫生部《食品企业HACCP实施指南》的项目，并承担了《巴氏杀菌乳HACCP实施指南》的起草工作，于2002年11月完成《巴氏杀菌乳HACCP实施指南》的起草工作，提交卫生部并得到了好评。
为了使伊利保鲜乳品公司的产品质量安全得到有效的控制，响应伊利集团的整体HACCP规划，伊利保鲜乳品公司决定在北京乳品厂就系列酸牛奶的生产建立行之有效的HACCP体系，并向摩迪国际认证公司申请审核认证。在2003年1月中旬伊利北京乳品厂接受了认证公司审核组的审核。审核组就HACCP计划、GMP、SSOP、管理保证、培训、产品回收、客户投诉处理、设备维修保养、文件控制程序、验证程序等内容进行了严格的审核，最后北京乳品厂系列酸牛乳、鲜牛乳的生产顺利通过了HACCP体系的认证。其中系列酸牛乳产品的生产是目前国内同类产品中首家通过HACCP体系的认证。
HACCP体系有别于传统的反映性控制，它作为食品安全预防体系，用来分析食品生产的各个环节，找出具体的安全危害，并通过采取有效的预防控制措施，有针对性地对各个关键环节实施严格监控，从而实现对食品安全卫生质量的有效控控制。伊利保鲜乳品公司北京乳品厂HACCP认证的通过，标志着伊利集团北京乳品厂的质量管理更上了一个台阶，产品安全得到了进一步的保证。