虽然袁隆平自称是“中间派”，但他仍认为，在没有实验结果作为根据的前提下，将转基因用于主粮生产是“要慎重的”。“他们赞成转基因的，是用小白鼠做的实验，可是小白鼠和人能一样吗？他们有人类食用转基因的实验结果吗？”
袁隆平坦言，“人民不是小白鼠，不能这样用那么多人的健康和生命安全做实验，来冒险。”他说，“我愿意吃转基因食品，来亲自做这个实验，但是问题是我已经没有生育能力了，转基因对性能力和遗传性的影响是需要实验证明的，如果有年轻人自愿做实验，吃转基因食品在两年以上，不影响生育和下一代的健康，那才安全。”
即使袁隆平对转基因的普及仍存有疑虑，但他也表示，“从科学的角度，转基因是发展方向，不能一概而论。现在我们正在把玉米的基因转到水稻上来，提高水稻的光合效应，这样的转基因有什么问题？一点问题都没有。”
袁隆平一直笃信一句话——没有调查就没有发言权。“没有亲自实验过，也就没有发言权，所以不要轻易地肯定或否定，也不要猜测和推论，要用事实说话。”
倡议成立“中国生命科学学会”
两会前，厉以宁、钟南山、袁隆平等国内著名的院士曾集体发出倡议——成立“中国生命科学学会”。两会期间，这一倡议又出现在他们的提案议案之中。
据了解，“中国生命科学学会”是一个汇聚了众多领域顶级专家的“智库”，主要目标是为国家的重大决策提供科学依据与智力支撑，被称为“混搭型高级智囊团”。
“我是一个研究农业的人，农业主要是为了解决人的吃饭问题，吃饭问题可以说是最大的民生。”袁隆平介绍说，他的倡议与中国“吃饱饭的问题”紧密相关。“虽然，现在绝大多数人都能吃饱饭了，但潜在的危机仍然严重。”
按照袁隆平的估算，“我们这样的一个13亿人的国家，不久将变成14、15、16亿，而国家的土地却不会再增加，按目前的发展水平，人口压力越大，农业供给的压力越大，因此，人要吃饭，只能依靠进口粮食。”
一旦依靠进口，中国便丧失了粮食安全上的主动立场。“小国依靠进口粮食还没什么大问题，像中国这样的大国，粮食始终是重要的战略物资，如果没有足够粮食，别人就会掐住我们的脖子。”袁隆平对此很担忧。
因此，袁隆平倡议成立“中国生命科学学会”，“对粮食问题进行战略层面的研究，比如，如何加大国家对农业生产方面的投入，如何提高我们的农业技术和科技水平，如何提高我们的粮食产量，保证供给，如何解决好‘三农’问题等，都需要从宏观政策层面有更全面、更准确、更清晰的考虑。”
最重要的是，现代农业的发展已经暴露出了诸多问题。“现在在农业生产过程中，为了防治病虫害、增加产量，农药与化肥被广泛使用，甚至是滥用，已经造成了一些不良后果。”在袁隆平看来，这种滥用“简直就是给耕地下毒药”。
另外，家禽、家畜的传染病，如禽流感、SARS等，已经变成了威胁人类生命的重大传染病。“怎么保证人民的健康和生命安全？怎么控制人口的增长？怎么处理好经济发展和环境保护之间的关系？我们需要多领域的专家好好坐在一起商量出个对策，并且递交给中央，为国家出力。”
袁隆平期望着，“中国生命科学学会”能尽早获批成立，成为他“大器晚成”的重要一步。