2014年3月11日，台湾地区“卫生福利部”发布部授食字第1031300488号令，制定“食品安全管制系统准则”，同日，发布部授食字第1031300489号令，废止原有的“食品安全管制系统”.
该准则系以“行政院”原“卫生署”2008年5月8日卫署食字第0970402552号令“食品安全管制系统”为法规架构，重新审视及酌修条文不确定性用语，使之明确化。此外，明定管制小组成员中至少一人应符合“食品业者专门职业或技术证照人员设置及管理办法”规定，而与食品安全管制系统有关的文件，应由该员负责规划及管理；明定内部稽核每年至少一次，以确认食品安全管制系统的有效性。
本准则共计十三条，其要点如下：
一、本准则订定的依据为食品安全卫生管理法第8条第4项。
二、本准则所称食品安全管制系统的定义为：鉴别、评估及管制食品安全危害，使用危害分析重要管制点原理，管理原料、材料的验收、加工、制造、储存及运输全程的系统。
三、明定管制小组成员人数、资格及任务，另规定该小组成员至少一人需具备专门职业人员资格。
四、明定管制小组的训练时数。
五、明定食品安全管制系统的执行方法及原则。
六、明定自发布日起施行。