近年来，随着保健食品花样的不断翻新，与之相应的包装材料也在发展。以液体形态存在的保健食品有相当部分采用了玻璃包装。包装中面临的问题不仅是玻璃材料，还有瓶身与瓶盖之间的橡胶垫片。
对用于食品包装的橡胶，国家有明确的橡胶卫生标准。常规检测项目主要有重金属含量，如铅、锌等是否超标;高锰酸钾消耗量，要测可溶性有机物含量;蒸发残渣，主要测定包装内容物成分不同时，是否会有无机物及醇溶物等物质溶出。从目前常规检测来看，不存在太大问题。
对于玻璃包装材料，用于食品包装的玻璃材料有较好的发展前景，这主要是从玻璃的安全性上来讲。由于玻璃的化学稳定性高，从微观角度来看，极少有溶出物。其中对砷溶出量的限制，目前只有美国、日本及中国制定了相应的标准。检测指标主要是对重金属的限制，如铅、砷等。
从总的趋势来看，保健食品对塑料包装的要求更加理性化，从外表美观向功能性方面发展，也就是说更注重如何能保护好产品内在品质，如透明化、抗氧化及保香性能等。这些要求也在一定程度上使产品的安全有了一定的保障。
但是与此同时，塑料包装也出现了一些不安全因素。—些保健食品生产企业对于自身产品的包装强调低成本，因而—些中小包装企业为迎合这一需求，使用不规范的工业级材料，而不是规定所要求的食用级材料。专家指出，用不规范材料制成的包装外观上与用食用级材料制成的包装没有多大区别，对人体健康的危害短时间内看不出来。然而，时间久了，工业级材料的危害就会暴露出来。
从玻璃包装材料发展趋势来看，食品级包装正向硼硅玻璃发展，所含主要成分为二氧化硅，占70%~80%，其余的是钾、钙、钠、镁等，铝的成分占很少。这种材料主要特点是化学稳定性好，透明性、保香性等方面也占优势。
从总体发展趋势来看，保健食品包装材料尽管形态不同，但都朝着环保、无污染及可回收的方向发展。