10月1日，被称为“史上最严”的《绿色食品标志管理办法》正式实施，新规大幅提高了抽检率和处罚力度，旨在整顿鱼龙混杂的绿色食品市场。新规规定，“绿色食品”头衔有效期只有3年，期限一到必须重新认证。然而，记者走访中发现，从新规对外公布到实施一个月间，绿色食品市场仍存在不规范现象。
11月4日，记者来到位于北京市通州区的家乐福超市，共发现十余件有绿色食品标志的商品，包括鸡蛋、豆瓣酱、大米、调料等。记者记下其绿色食品标志下方的企业信息码，到“中国绿色食品网”查询后发现，家乐福超市大米类和鸡蛋类货架上摆放的名为“火山石板米”和“德青源生态鸡蛋”的“绿色食品”，存在“超期服役”问题。据显示，火山石板米和德青源生态鸡蛋使用绿色食品标志的有效期分别至2012年10月19日和11月1日，但调查当日产品绿色标志仍在使用。
记者随后来到另一家超市，发现了同样的问题。8月19日生产的“奈奇金玉米鲜嫩甜糯玉米原浆饮料”，其包装上贴有绿色食品标志，然而这款商品使用绿色食品标志的有效期应该截止到8月7日。今年10月5日生产的“咯咯哒绿色鸡蛋”，其使用绿色食品标志的有效期为今年3月6日，超期7个月仍在用。
记者询问超市工作人员得知，新规颁布后，货架上的绿色食品的确有部分减少，但产品并未消失，而是改头换面了。一些蔬菜将原有“绿色食品”改为了“精品蔬菜”，一些农副产品则换了包装，去掉了“绿色食品”的字眼。记者在走访中还发现，多数消费者对超市里食品的各种“名头”分不清。
对此，北京市农业局政策法规专家表示，新规首次废除了绿色食品认证终身制，很多厂家如果重新认证需要一段审批时间，但按规定，这一空白时期内产品不能再使用绿色食品标志。
记者对比发现，新规出台前的办法，只提到对产品进行检测，至于怎么监管却没有详细规定。但新规更加注重监管，大幅提高抽检率。中国绿色食品发展中心相关负责人表示，新规对企业和产品的准入条件更严格，监管力度更大。新规规定，除每年对获得绿色食品标志的生产单位进行常规的年检外，还要保证超过30%的抽检率，为所有食品中抽检比例最高的。
绿色食品营养价值是否更高？中国营养学会秘书长贾建斌表示，比起传统食品，绿色食品在营养上无特别之处，但食用更安全，对消费者来说可谓多一种选择。美国儿科学会的一份报告也证实，绿色有机食品在营养成分上并无优势。