四川广元柑橘大实蝇事件也波及到了千里之外的上海，以至于上海柑橘主产地崇明县一度出现柑橘滞销，尽管它并没有遭到虫害。为此，上海政企纷纷团购柑橘，借以拉大市场需求。
上海崇明县农委人士告诉《第一财经日报》：“原本在这时应卖出百分之五六十的柑橘，但现在只卖出去20%多。”作为柑橘之乡，年柑橘产值上亿元的崇明长兴乡受到影响较大，该乡政府经济办的余先生表示，10月24日进入长兴岛购买柑橘的车辆有119辆，而25日有媒体报道“蛆柑”事件后，26日进入岛内的车辆骤降至28辆。由此，大量柑橘滞销，来往崇明的经纪人也骤减。
此后，上海一些部门及崇明县政府采取措施希望扭转这个局面。崇明县政府开展一些推介会来消除市场对“蛆柑”的恐慌，同时加强对柑橘集散地的管理；当地乡政府则采取对外来购橘的车辆进行补贴的形式以吸引更多的商户。长兴乡政府在原先对外来车辆设置的绿色通道的基础上对每车每吨柑橘补贴29元。
随着这些措施出台，崇明柑橘的销售相对10月份有所回升。但价格还是较往年打了折扣，往年零售价七八毛一斤的现在只能卖五六毛一斤，各乡镇批发价也大为降低，甚至只有往年的一半，这对果农的收入造成了极大的影响。
“现在很多柑橘都还挂在枝头上，再卖不出去就损失惨重，”上述农委人士说，“我们希望通过企事业单位的团购以及和江浙一带的市场进行洽谈能够取得好的效果，帮果农渡过这个难关。”崇明县政策研究室人士告诉记者，现在崇明的柑橘靠“关系户”团购了不少，像与长兴岛关系紧密的宝钢、振华港机(7.19,0.02,0.28%,吧)都发动了团购。黄浦区10日也发动干部群众从崇明绿华镇团购柑橘300吨。
但是，崇明县一位不愿透露姓名的村支书也告诉记者，由于外地到崇明采购柑橘的经纪人减少，柑橘的产量又大，每亩就有5000多斤，所以完全靠本地消化还是有难度的，现在只能先帮助一些困难户。另外，崇明柑橘由于鲜度等原因未能及时送周边一些饮料和食品企业进行深加工，现在只能卖新鲜柑橘，而到明年1月底柑橘就过季了。