食品安全违法线索多发生在社区、乡村等基层，但基层政府没有执法权，要做好食品安全工作，离不开工商、卫生等部门的配合，市人大法制委员会建议加强基层政府的管理力度，增加乡镇人民政府和街道办事处对非法进行食品生产、加工、储存和销售行为有权予以制止，并应当协调、督促食品安全监管部门的派出机构进行查处，或者向市和区县食品安全监管部门报告，接到报告的部门应该及时处理并反馈处理结果等内容。
草案此前征集意见时，有反映说，现有罚则似乎更多地是针对企业等经营主体，修改稿中新增加三项条款，用大篇幅来明确和加强政府监管责任，食品安全监督协调机构、食品安全监督管理部门和其他负有食品安全管理责任的部门不履行应有职责、造成后果的，由监察机关或者任免机关对其主要负责人、直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予记大过或者降级处分；造成严重后果的，给予其主要负责人、直接负责的主管人员和其他直接责任人员撤职或者开除的处分。构成渎职的，追究刑事责任。
滥用职权或者有其他渎职行为的，就算没造成后果，主要负责人和相关责任人员也要被处以记过或者记大过处分；造成严重后果的，主要负责人、直接负责的主管人员和直接责任人员要受到降级或者撤职的处分。食品安全监督管理部门不立即处理或者推委应承担的职责，造成严重后果的，主要负责人将被记大过或者降级。