在日本决定停止进口美国牛肉后，日本各大超市和连锁店纷纷将来自美国的牛肉撤下了货架，这引起了人们对牛肉短缺的担心。日本农林水产省官员透露，2002年日本牛肉进口总量约为48点7万吨，其中来自美国的牛肉占日本牛肉进口总量的百分之46点5，而日本牛肉消费约百分之60靠进口，停止进口美国牛肉将对日本餐饮业产生很大影响。然而，农林水产省官员却表示，目前日本暂时不会出现牛肉短缺局面。
日本农林水产大臣龟井善之：目前(日本的)牛肉储备大约有8万吨，(而通常)月消费约为5万吨，因此这足够维持一个半月的供应。(尽管)年末是牛肉消费最多的时期，但我相信我们的供给不会有问题。
为解决今后牛肉可能出现短缺的状况，日本正在考虑改从澳大利亚、新西兰、巴西、阿根廷等其他主要牛肉生产国进口牛肉。据悉，在23号美国出现第一例疯牛病疑似病例之后，日本农林水产省除向国民及时通报信息外，还准备控制牛肉销售价格以防止不法商人趁机涨价。受日本停止进口美国牛肉决定的影响，当天东京股市与食品相关的股票价格出现下跌。其中大量使用牛肉的吉野家公司股票比22号终盘股价下跌10个百分点，而日本火腿等肉食加工公司的股价总体也在下降。