蓝藻的大量出现，只是太湖水域问题的表面现象，隐藏在其背后的，其实是水体所受来自各方面的污染物入侵。日前，由国家发展改革委牵头，环保、水利等有关部门及环太湖江苏、浙江、上海两省一市政府紧急编制《太湖流域水环境综合治理总体方案》。根据这份“治水方案”，到2012年太湖的饮用水水域水质有望基本达到III类标准。
在这份最终得到国务院批复的“治水方案”中，明确提出了分阶段的治理目标。其中，近期目标是到2012年，太湖湖泊富营养化趋势得到遏制，湖体水质由劣V类提高到V类，东部沿岸区域水质由V类提高到IV类，主要饮用水水源地及其输水骨干河道水质基本达到III类，河网水（环境）功能区水质有所改善；远期目标则是到2020年，太湖湖泊富营养化程度有所改善，达到轻度～中度富营养，湖体水质基本达到IV类，部分水域达到III类。
据了解，我国地表水依据质量不同，主要分为五类，I类水质最高，Ⅴ类则最低。至于III类水，是指适用于集中式生活饮用水地表水源地二级保护区、鱼虾类越冬场、洄游通道以及水产养殖区等渔业水域及游泳区中的水质标准。然而，对于太湖来说，由于蓝藻大量出现，水体中的生物链遭严重破坏，在此情况下湖体水质一度呈现劣V类，离最低级别的Ⅴ类水尚有距离。
不过，太湖治水并不能只靠治藻。由于蓝藻出现与水体富营养化有关，而水体富营养化又往往与工厂企业排污相关，记者发现，在“治水方案”中，针对“排污”的限制性内容已成重中之重。如“加快自来水厂深度处理工艺改造，完善饮用水安全监测系统和预警体系”、“提高企业排放标准，对于不能做到达标排放的企业，该关闭的关闭，该改造的改造，并实施在线监测。”等等。而为了规范企业工厂排污有序、合法，“治水方案”提出开展排污权交易试点，并实施污水处理费质押贷款。
据悉，根据《太湖流域水环境综合治理总体方案》，有关部门将制定《太湖管理条例》，同时制定更加严格的太湖流域水污染防治标准。