在赖斯抵达日本之前，有媒体分析指出，由于近50年来日本一直是美国在亚洲的最大盟国，而且两国的关系正在变得越来越密切，因此对于美国国务卿赖斯来说，日本应该是其紧张的亚洲六国之行中的休息站。但从赖斯此次日本之行的结果看，两国轻松和谐的气氛下仍有诸多分歧不时显现。
在赖斯与日本外相町村和首相小泉的会谈中，双方就驻日美军的整编问题达成一致，认为应加快协商步伐；在朝核问题上双方也再度确认了朝应无条件重返六方会谈的一致立场。但在日本进口美国牛肉的贸易问题上，尽管赖斯以美国国内对日批评不断高涨为由，强烈要求日本应尽早确认期限重新进口美国牛肉，并表示这一问题的紧迫性表明其已不是单纯的贸易问题，很可能对日美关系产生恶劣影响。但对此，町村和小泉都一再表示，日本也不希望因此而影响到日美两国关系，但从“食品安全”的观点出发需要根据科学知识来对待，否定了美国要求确定具体日期的主张。这不由让人想起今天《东京新闻》上刊登的一幅漫画：赖斯手牵一头美国牛走出飞机机舱，前来迎接的小泉等日本高官伸手作拒绝状：别、别、别，“赖斯”的可以，“牛肉”的不行。
在赖斯与日防卫厅长官大野的会谈中，尽管双方共同确认了维持驻日美军威慑力的重要性，继续推进日美同盟的现代化，但对于赖斯提出的要求日发挥更关键作用的要求，大野委婉地表示，因宪法因素，日本与美国存在差异，希望美国予以理解。